28 Şubat döneminde hakkında verilen idam cezası yaşı küçük olması gerekçesiyle 16 yıl 8 ay hapse çevrilen Yakup Köse, 2005 yılında tahliye olmasına rağmen, hakkında açılan davalardaki hukuksuzluk halen son bulmadı. 1996’da 14 yaşındayken “İBDA-C militanı” olduğu iddiasıyla tutuklanan ve 10 yıl hapis yatan Köse, 16 Aralık 2014’te tekrar tutuklanarak cezaevine konuldu. Gerekçesi ise 5 Ocak 2000’de Köse’nin bulunduğu Bandırma Cezaevi’ne yönelik yapılan Noel Baba Operasyonu.
Bandırma Cezaevi’ne yönelik yapılan operasyonun hedefinde Köse dâhil 33 kişi vardı. Tutuklu Hasan Meriç’in hayatını kaybettiği operasyonun ardından, söz konusu 32 kişiye, “isyan” ve “devlet malını tahrip” suçundan dava açılmış ve eski Türk Ceza Kanunu (TCK) uyarınca, tüm sanıklara isnat edilen suçun üst sınırında 6 yıl 8 ay hapis cezası verilmişti. TCK’nın değişmesinin ardından verilen cezalara yapılan itirazın ardından yürütülen yeniden yargılama ise adaletsizliği daha da derinleştirdi. Yeniden yargılama sonucunda, Köse’nin de dâhil olduğu 32 kişiye isyan suçundan 2 yıl 6 ay ve tahribat suçundan 10 yıl olmak üzere toplam 12 yıl 6 ay ceza verildi ve bir önceki cezanın sanıkların lehine olduğu gerekçesiyle 6 yıl 8 aylık cezalarının uygulanması hükmü verildi.
Yargıya göre, söz konusu cezanın gerekçesi olarak gösterilen isyanın gerekçesi, Metris Cezaevi’nde başlatıldığı iddia edilen isyana destek. Operasyonun gerekçesinin isyan olduğu konusunda hemfikir olan yargı organlarına göre, jandarmanın bir kişiyi öldürdüğü operasyon da meşru müdafaa. Köse’nin avukatı Abdullah Özbek, operasyonun olduğu gün, Köse’nin sevk edildiği hastaneden taburcu edilerek, koğuşuna gönderildiğini söylüyor. Yani Köse, kendisine isnat edilen suçları zorla işlemek zorunda bırakılmış.
Köse’nin devlet malını tahrip etmek suçundan aldığı 10 yıllık cezanın yasadaki üst sınırdan verildiğini belirten Özbek, bunun gerekçesi olarak Köse’nin operasyon sırasında silah kullanmasının gösterildiğini söylüyor. Fakat bu iddiayı doğrulayabilecek hiçbir kanıt şimdiye kadar mahkemeye sunulmamış. Operasyonun görüntülerinin Adalet Bakanlığı ve Jandarma’nın elinde olduğunu söyleyen Özbek, bu görüntülerin ısrarla ve bilerek mahkemeye gönderilmediği görüşünde. Köse’nin silah kullandığı iddiası, davanın zaman aşımından ötürü düşmesini de engelliyor. Zira Hayata Dönüş Operasyonu hakkında açılan benzer davalarda zaman aşımı süresi, usulünce 5 veya olağanüstü durumda 7,5 yıl olarak kabul edilirken, silah kullanımı olduğu iddiası, Köse’nin davasında zaman aşımı süresinin 15 yıla çıkmasına sebep oluyor.
Metris’te başlatıldığı iddia edilen isyanın davasında verilen cezalar hakkında Ağustos 2014’te Bakırköy 4. Ağır Ceza Mahkemesi’nin verdiği bozma kararına rağmen, Bandırma Cezaevi’ndeki operasyonun davasında hiçbir gelişme yaşanmadı. Bu davada suçlu bulunan bazı sanıkların Anayasa Mahkemesi’ne “adil yargılama hakkının ihlali” gerekçesiyle iptal istemiyle yaptıkları başvuru ise reddedildi. Avukat Özbek, Köse’nin davasının şu anda Adalet Bakanlığı’nda kanun yararına bozma yolunda olduğunu söylüyor. Daha önce benzer gerekçelerle Mirzabeyoğlu’nun Avrupa İnsan Hakları Mahkemesi’ne yaptığı başvuru reddedilmişti.
Bandırma Cezaevi’ne yönelik Noel Baba Operasyonu’nu, daha sonra Balyoz Davası’ndan 18 yıl ceza alan dönemin Bandırma Garnizon Komutanı Tuğgeneral Korcan Pulatsü yönetmiş ve bazı mahkûmların F tipi cezaevlerine nakli gerekçe gösterilmişti. Koğuştaki mescidi kaldırmaya çalışan jandarmaya karşı direnen mahkûmlar cezaevi çatısından molotof kokteyli ve biber gazı atılarak etkisiz hale getirilmiş, ardından da, G3 marka silahlar ile ateş açılmıştı. Mahkûmlardan Hasan Meriç birden fazla kurşun yarasıyla yaşanan olaylarda öldürülmüştü. 14 yaşında idam cezası alan Yakup Köse''nin cezaevinde bulunduğu ve kolunun askerler tarafından kırıldığı olaylarda mahkûmlar daha sonra zorla başka cezaevlerine dağıtılmıştı.