Darbecilerin 'İç Tehdit' raporunda özellikle Ermenilere karşı mutlak bir kin ve düşmanlık oluşturulurken 1915'de yapılan Ermeni Tehciri ise yasal bir politika olarak savunuluyor. Ayrıca Ermenilerin dışında diğer Hristiyan azınlıklara ve Yahudilere de raporda ayrıntılı bir şekilde yer veriliyor.
12 Eylül darbe davasıyla ilgili olarak Genelkurmay başkanlığı tarafından gönderilen Türkiye'ye yönelik 'İç tehdit' raporunda Hristiyan azınlıklarla ilgili fişlemelere yer verildi. Özellikle Ermenilerin ağır bir dille eleştirildiği raporda, 1915 olaylarında Ermenilere karşı yapılan tehcirin haklı olduğu savunuluyor. Belirtilen raporda Rumların Ermenilerle işbirliği içinde oldukları savunulurken ayrıca Süryani ve Yahudilerin de dikkatle izlenmesi gerektiği tavsiyesinde bulunuluyor.
12 Eylül ibaresinden üç ay önce 'Çok gizli' ibaresiyle hazırlanan ve Kenan Evren imzasıyla Haziran 1980 tarihinde komutanlıklara gönderilen 'Türkiye'ye yönelik iç tehdit' isimli raporda, başta Ermeniler olmak üzere tüm Hristiyan azınlıklar ilginç değerlendirmelerde bulunuluyor.
Özellikle Ermeni meselesinin tarihsel gelişiminin anlatıldığı raporda, 1913 yılında sorunun tekrar gündeme geldiği aktarılarak şu ifadelere yer veriliyor : '1914-1915 yıllarında Ermeni çeteleri doğu cephesinde devamlı olarak Ruslarla işbirliği halindedir. Müslüman-Türk ahaliye saldırılar düzenlediler. Bu hareketler 1918 yılına kadar devam ettiler. Ermeni komutacıların düşüncesizlikleri ve Avrupa Devletinin insanlık anlayışından yoksun olmaları binlerce günahsız sivilin ölümüne sebep oldu.
Birinci Dünya Savaşı sırasında Osmanlı ordusu Ermenilerin hıyanet ve cinayetlerinin yoğunlaşması üzerine, bunların savaş bölgesi dışındaki yerlere nakledilme zorunluluğu doğmuştur. Bu husustaki uygulama o zaman yürürlükte olan mevzuata tamamen uygun olup, haklıdır da. Ayrıca bu dönemdeki Ermeni kayıpları söylenildiği gibi 50-100 arasındadır.Bu dönemdeki Türk kayıpları ise çok daha fazladır. Ve olaylar Türklerin olan Osmanlı İmparatorluğu'nda cereyan etmektedir' deniliyor.
Raporda 'Soykırımın yasal ve haklı olduğu' tespiti yapıldıktan sonra , Türkiye'deki Ermeni faaliyetlerine ilişkin uyarılara yer verilerek şöyle deniliyor : Bugün de muhtemeldir ki atalarının Avrupa devletlerinin siyasetine alet oldukları gerçeğini bir türlü kavramayan Ermeni gençler, o dönemin kışkırtıcı yayınların da etkisinde kalarak aynı oyunun günümüzdeki piyonları olarak gerçek suçlular yerine günahsız Türk diplomatlarına saldırmakta ve Türkiye'de çeşitli terörist olaylara karışmaktadır. Yurdumuzda Ermeni miktarı 60 bin kadardır. Anadolu Ermenileri Hatay,Siirt,Mardin, ve Urfa'da ikamet etmektedirler. Raporda İstanbul Ermeni Kilisesi mensuplarının faliyetleri de 'sakıncalı' bulunarak şu değerlendirmelere yer veriliyor. 1967'den itibaren Doğu Anadolu'daki Ermeniler İstanbul'a göç etmeye başlamışlardır. Yoksul Ermeni çocukları da Aramyan Uncuyan ve Anarat Hıgutyun okullarında eğitilerek yetiştirilmektedir. Ermeni Patrikhanesi ise bu insanların yoksulluğunu çeşitli yollarla dünya kamuoyuna iletmek suretiyle konuyu istismar etme gayreti içinde görülmüştür. Patrikhanenin Ermenileri İstanbul'da toplayarak Ermeni varlığını devam ettirmek istedikleri değerlendirilmektedir. Patrikhanenin faaliyetleri meyanında ; yoksulların Kumkapı Meryem ana kilisesi müştemilatında barındırmaları, küçük çocukların yetimhanede yetiştirmeleri, Ermeni okullarına kaydedilmeleri gösterilebilir. Öte yandan, seçilen bazı öğrenciler Üsküdar Ruhban Okulu'na , Kıbrıs'taki Ruhban Okulu'na ve yurt dışındaki diğer ruhban okullarına gönderilmektedir. Ermeniler isimlerini Ermeniceye çevirmek için teşvik edilmekte, cemaat içinde dayanışma çalışmaları arttırılmaktadır.'
Raporda Rumların faaliyetleri de analiz ediliyor. Raporda 'Tarihi gerçekleri dikkate alan TBMM hükümeti galip olarak savaşı kazanmanın avantajı ile Misak-ı Milli hudutları içinde bulunan Rumları mübadeleye tabi tuttu. Ancak Fener Rum Patrikhanesi varlığını sürdürdü. Megalo idea safsatası tarafından şartlandırılan ve çoğunluğu İstanbul'da yaşayan Rumların çabalarının yoğunluk merkezinin bu ideolojiye hizmet yönünde olması doğaldır' deniliyor.
Yahudilerin de yurtiçinde sınırlı da olsa yıkıcı faaliyetlerde bulunma ihtimalinin dikkate uzak tutulmaması gerektiğine işaret ediliyor. Ancak Yahudilerden yakın bir gelecekte önemli bir tehdit beklenilmediği vurgulanıyor. Raporda, Süryanilere ilişkin bir başlık da bulunuyor. Güneydoğu Anadolu Bölgesi'nde 35 bin kadar Süryaninin yaşadığı ve grubun yıkıcı bir tespiti bulunmadığına işaret edilerek şu uyarı yapılıyor. 'Bununla beraber bu azlığın da olağanüstü durumlarda ulusal sorunlarımıza karşı kayıtsızlık içinde beklenmelidir.'
